Edificado na confluência da ribeira de Seda e da ribeira de Sarrazola, este templo data do século XV e foi sofrendo alterações ao longo dos séculos. No local da igreja terá existido um templo romano do ano 370 d.C. A ocupação romana é atestada pela presença de estruturas romanas integradas no edifício e pela lápide romana embutida nas traseiras do templo. A lápide está classificada como Monumento Nacional desde 1910.
Em 2019 foram feitas obras de conservação e valorização da capela e foi descoberto um conjunto de pinturas tardio-medievais. Estas pinturas são de valor incalculável devido à sua extensão, ao contexto cronológico da obra, à qualidade de execução e ao estado de conservação.
Num documento de 1758 escrito pelo Prior da Matriz de Benavila, Frei Amaro Coelho da Gama e Casco, constata-se que a imagem de Nossa Senhora de Entre Águas era milagrosa e que por essa razão, muitos peregrinos ali se deslocavam. O alpendre da capela evidencia este carácter de peregrinação. Nesta ermida existiu em tempos um hospital para curar os pobres, gerido pela Irmandade de Nossa Senhora de Entre Águas.